Dengan telah dibukanya kegiatan unit - unit usaha Yayasan termasuk Rumah Sakit, maka kedudukan Dr. Boentaran Martoatmodjo sebagai Ketua Dewan Pengurus dan Pengurus Harian yang bertindak sebagai Direksi, otomatis menjadi Direktur RS Yayasan yang pertama.

Tahun 1957 hingga 1958, kegiatan operasional Yayasan dan unit usahanya relative sudah berjalan lancar dalam pemberian layanan kesehatan kepada masyarakat. April 1957, Yayasan telah menyelesaikan perbaikan paviliun RRT, yang merupakan bantuan dari Kementerian Kesehatan RI untuk digunakan sebagai Klinik Bersalin dengan kapasitas 35 tempat tidur untuk perawatan pasien tidak/kurang mampu.

Tahun 1957, Yayasan mendirikan Unit Pendidikan Pembantu Perawat dengan siswi angkatan pertama sebanyak 20 orang

Pengurus Yayasan menyerahkan hasil penarikan iuran dari para pendiri dan simpatisan, meliputi lebih dari 100 orang kepada Panitia Usaha Dana Yayasan yang terdiri dari para istri dokter, diketuai oleh Ny. Dr. Boentaran Martoatmodjo, Wakil Ketua Ny. Dr. Kasmir; Bendahara: Ny. Dr. Sutedjo, anggota Pengurus lain ialah: Sumarno, Ny. dr. Azir, Ny. Kwee Hong Djan, Ny. Salekan , Ny. Ramadi, Ny. Maruto Nitimihardjo, Ny. Ramlan, Ny. Hasan Sastraamidjaja, Ny. Slamet dan Ny. Suwardi.

Tidak dimilikinya dana, menyebabkan Yayasan RS Jakarta harus rela membagi tanah yang dimiliki (5 ha) dengan Yayasan Atma Jaya yang sanggup membayar retribusi kepada Pemerintah Jakana Raya sehingga tanah Yayasan RS Jakarta tersisa 1,9 ha. Bermodal uang ganti rugi tersebut, Yayasan membuat rencana untuk membangun gedung 5 tingkat.