Memasuki usia 31 tahun Yayasan RS Jakarta, akhir tahun 1984, jumlah kapasitas tempat tidur yang dimiliki oleh RS Jakarta telah mencapai 233 tempat tidur. Untuk merencanakan pengembangan RS Jakarta dari kapasitas 233 menjadi 300 tempat tidur, tanggal 21 Februari 1980 Yayasan membentuk Badan Perencanaan dan Pengembangan (BP2) Yayasan RS Jakarta.
BP2 Yayasan RS Jakarta menyelesaikan pembuatan Master Plan pengembangan RS Jakarta pada tahun 1985. Blok Plan bangunan RS Jakarta yang diusulkan BP2 dibuat dengan mempertahankan gedung - gedung RS Jakarta yang telah ada. Usulan ini disetujui oleh Dinas Tata Kota DKI Jakarta dengan diterbitkan Gambar Blok Plan No. 159/GSB/X/88 Blad No. 37/39-40.
Langkah lebih lanjut, Yayasan melaksanakan proses pembuatan Surat Izin Penunjukkan Penggunaan Tanah (SIPPT). Untuk mendapat SIPPT, Yayasan diwajibkan membayar retribusi prasarana kepada Pemerintah DKI Jakarta. Setelah retribusi dibayar, kepada Yayasan diberikan SIPPT dengan Surat Keputusan Gubernur DKI Jakarta No. 3527/-1. 711 tanggal 25 Oktober 1988, dengan ketentuan bahwa tanah Yayasan kurang lebih 19.000 m2 dikurangi kurang 925 m2 untuk pelebaran jalan Garnizun (fasilitas umum) sehingga tanah efektif yang dimiliki Yayasan untuk pembangunan gedung Rumah Sakit tersisa kurang lebih 18.175 m2.

Dengan adanya Master Plan/Blok Plan dan SIPPT yang telah disetujui oleh Pemerintah DKI Jakarta tersebut, kemudian Yayasan mengundang 6 calon investor untuk mengajukan usulan Program Pembangunan RS Jakarta. Tahap pertama akan dibangun gedung baru RS Jakarta setinggi 4,5 lantai, dengan luas lantai 12.000 m2 dan persiapan pondasi untuk bangunan berlantai 8.

Pada tanggal 10 November 1988 bertepatan dengan HUT ke 35 Yayasan, sejumlah karyawan senior Yayasan menyumbang pembuatan patung Almarhum Dr. Boentaran Martoatmodjo, agar perjuangan dan jasanya terhadap Yayasan serta ketauladanannya dapat dikenang oleh para karyawan Yayasan.
Tanggal 30 Mei 1989, RS Jakarta mendapat bantuan dari AWA (American Woman Association) bekerja sama dengan Helen Keller Foundation untuk pembelian 1 (satu) set alat Operasi Katarak untuk melakukan operasi katarak bagi 95 orang manula. Pada tanggal 7 Desember 1989, RS Jakarta mendapat bantuan dari PT Tugu Pratama Indonesia berupa sebuah mobil Ambulans L300 yang diterima oleh Ketua Yayasan RS Jakarta, Prof. H.M Judono .
Koperasi sebagai usaha bersama Karyawan Yayasan, dibentuk oleh Karyawan Yayasan dengan Badan Hukum No. 134/B.H/I tangga1lO April 1980 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Koperasi DKIJakarta No. 22/Binor/80 tanggal 10 April 1980 dengan sebutan Koperasi Karyawan RS Jakarta. Koperasi Karyawan RS Jakarta memiliki Ijin Usaha Perdagangan (SIUP) No. 0208/P /013/09-04 tanggal 6 Maret 1996; Pada Rapat Anggota Tahunan ke 12 tahun 1996, Koperasi Karyawan RS Jakarta diganti namanya menjadi Koperasi Karyawan Yayasan RS Jakarta. Selama Koperasi beroperasi, Yayasan memberi bantuan fasilitas berupa ruang kerja, toko, gudang serta penggunaan listrik, air dan telepon .